Rantaro es un niño de 8 años que se matricula en una escuela de ninjas jóvenes. Mientras está allí se hace amigo de Shibe, el hijo de un rico comerciante y de Kirimaru, un huérfano que perdió a sus padres durante la guerra. Juntos, Rantaro y sus compañeros, quienes son llamados los "Huevos Ninja" se verán envueltos en varias desventuras involucrando a profesores, estudiantes de más edad y ninjas rivales del Castillo Dokutake.